Михаил Щербаков получил музыкальное образование в Уральской государственной консерватории (1975 год, класс скрипки Н.А.Шварца, затем класс оперно-симфонического дирижирования М.И.Павермана).

Работал в качестве концертмейстера в оркестре Свердловского академического театра оперы и балета под руководством дирижера Е.В.Колобова, а также в качестве дирижера - в оркестрах Чечено-Ингушской АССР и Ярославля. С 1988 по 1993 год занимал пост художественного руководителя и главного дирижера Астраханского филармонического камерного оркестра. С 1991 года – художественный руководитель и главный дирижер Академического симфонического оркестра Самарской филармонии.

В качестве руководителя участвовал в 11 международных музыкальных фестивалей, впервые прошедших в Самаре с участием молодых исполнителей из США, Латинской Америки и России (1991-1994), запись первой в истории оркестра пластинки с произведениями американских композиторов, а затем - компакт-дисков с русской и французской музыкой.

Академический симфонический оркестр Самарской филармонии выступал в рамках гастролей в концертных залах Москвы, а также именно с этим дирижером начал выезжать и на зарубежные гастроли: Тунис (1993), Пекин (1994), города Испании (1996, 2005, 2007), Германии (1997, 2005), Бельгии (2005), Минеральные Воды (2007), а также Кисловодск и Ессентуки. Также состоялись зарубежные гастроли в Канаде (1989 ), США, Германия (1996), на Кубе (1997), Великобритания (2003, 2004), Сербия (2004), Италия (2007), Вьетнам (2006).

В 2002 году оркестр под руководством М.Щербакова победил во Всероссийском радио-фестивале в номинации «За лучшее творческое прочтение сочинения» (Симфония № 2 С.Рахманинова).

Творческий диапазон дирижера очень широк: в исполнении оркестра под его руководством прозвучали многие симфонии Бетховена, Брамса, Чайковского, Рахманинова, Бородина, Прокофьева, Шостаковича, а также произведения Малера, Брукнера, Р.Штрауса, Вагнера, Дебюсси, Равеля. Дирижер сотрудничал с Большим симфоническим оркестром им. П.И. Чайковского и Государственным симфоническим оркестром России (Москва).

Осуществил в Самаре премьеры произведений современных отечественных композиторов, среди которых А.Петров, А.Эшпай, А.Бердюгин, В.Казенин, А.Чайковский, Э.Денисов, С.Слонимский, В.Биберган, М.Левянт и другие. В сезоне 1997/98 вместе с самарским симфоническим оркестром исполнил цикл концертов «Портреты современных композиторов» с участием самих авторов (Т.Хренников, Р.Щедрин, С.Слонимский, А.Чайковский, А.Бердюгин).

Среди проектов последних лет – циклы концертов «Симфонические собрания», «Портреты современных композиторов», «На рубеже тысячелетий», «Симфонический вернисаж», «Да ведают потомки православных» (К 2000-летию Рождества Христова), «Шедевры мировой симфонической музыки», музыкальный фестиваль, посвященный 200-летию А.С.Пушкина. В сезоне 2008/2009 под руководством дирижера проходят концерты ряда абонементов Самарской филармонии («Мировая классика» и «Симфонической наследие трех столетий»), проект мероприятий для молодежи области «Арт-панорама», цикл концертов для студентов «Музыка – это услышанный голос времени» (программа «Классика и ритмы джаза»).

В 1992 году присвоено звание «Заслуженный деятель искусств РФ», а в 2001 году – звание «Народный артист РФ». В 1996 году вручена медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. В октябре 2016 года на съезде Международного союза музыкальных деятелей в Большом зале Московской государственной консерватории им.П.И.Чайковского Михаилу Щербакову было присвоено звание «Заслуженный деятель музыкального искусства».

Лауреат в номинации «Дирижеры» в рейтинге Всероссийской газеты «Музыкальное обозрение» (2003 год).

С 2004 года – профессор Самарской академии искусства и культуры.