Михаэль Зандерлинг занимал должность главного дирижера Дрезденской филармонии на протяжении восьми сезонов  - с 2011 по 2019 год. За это время он записал с коллективом все симфонии Бетховена и Шостаковича на лейбле Sony Classical. О совместном издании Третьей симфонии Бетховена и Десятой симфонии Шостаковича портал  MusicWeb International написал: «В свойственной манере и совершенно неотразимо Дрезденский филармонический оркестр под управлением Михаэля Зандерлинга демонстрирует свое мастерство в шедеврах Бетховена и Шостаковича».
Как приглашенный дирижер Михаэль Зандерлинг часто сотрудничает со многими оркестрами Европы и мира. Только за два сезона (2018/19 и 2019/20) в этом списке значатся Королевский оркестр Концертгебау ("Mysteriën" Л.Андриссена и Третья симфония Брукнера), Парижский оркестр (Шесть монологов из "Jedermann" («Имярек») Ф.Мартена по пьесе Г. Гофмансталя и «Данте-симфония» Ф.Листа), Берлинский филармонический оркестр (Второй виолончельный концерт Й.Гайдна и Седьмая симфония Д.Шостаковича), Хельсинкский филармонический оркестр, Пражский симфонический оркестр, Филармонический оркестр Радио Франции, Люцернский симфонический оркестр (также и в гастрольном туре по Корее), Заслуженный коллектив России академический симфонический оркестр Санкт-Петербургской филармонии, Шотландский симфонический оркестр Би-би-си, Национальный оркестр Капитолия Тулузы, Симфонический оркестр Галисии, Симфонический оркестр Северогерманского радио и Сеульский филармонический оркестр. Он также регулярно выступает с Лейпцигским оркестром Гевандхауза, Цюрихским оркестром Тонхалле, Мюнхенским филармоническим оркестром, Берлинским оркестром Концертхауса, Симфоническим оркестром Торонто, Токийским столичным симфоническим оркестром и Симфоническими оркестрами Немецкого радио (Юго-Западного радио и Северного радио).
В качестве оперного дирижера он выступил в новой постановке оперы «Война и мир» С.Прокофьева в Кельнской опере, а также в постановке оперы «Падение дома Ашеров» Ф.Гласса в Потсдаме. Дискография музыканта (в качестве виолончелиста и дирижера) включает произведения Дворжака, Шумана, Шостаковича, Прокофьева и Чайковского. В 2020 году под его руководством на Франкфуртском фестивале была исполнена опера «Гензель и Гретель» Э.Хумпердинка.
Михаэль Зандерлинг активно работает с молодыми музыкантами и занимается их обучением. Он преподает во Франкфуртском университете музыки и исполнительских искусств и регулярно работает с Национальным молодежным оркестром Германии (Bundesjugendorchester), Молодежным симфоническим оркестром Иерусалим-Веймар, Немецким молодёжным симфоническим оркестром и Шлезвиг-Гольштейнским фестивальным оркестром. С 2003 по 2013 год он был главным дирижером камерного оркестра Deutsche Streicherphilharmonie.