Родился в Цайце (земля Саксония-Анхальт, Германия). В родном городе брал уроки игры на фортепиано и органе у Гюнтера Циммерлинга, пел в церковном хоре и в хоре при оратории, был концертмейстером хора при оратории, играл на органе в различных храмах, выступал с сольными органными концертами. С 1978 по 1984 год учился в Протестантской школе церковной музыки в Галле (в настоящее время – Протестантская высшая школа церковной музыки) у А.Ройтера, органиста церкви св. Фомы в Лейпциге. Дирижирование преподавали Х.Гляйм (Галле) и Г.-Х.Биллер (хормейстер в церкви св. Фомы в Лейпциге). Его выпускной экзамен проходил в церкви Святого Фомы в Лейпциге. Во время учёбы Бёлерт работал органистом при старейшем немецком хоре мальчиков Stadtsingechor Halle и в церкви Святой Марии в Галле. В 1990 году посещал Международную летнюю академию для органистов в Харлеме (Нидерланды), где его наставниками были Э.Койман, Д.Рот и М.Торрент.

Маттиас Бёлерт – органист и хормейстер в церкви св. Екатерины в Зальцведеле с 1984 года, а также областной органист и хормейстер Зальцведеля. В 2004 году назначен директором церковных музыкальных программ « за блестящие результаты работы с хорами и обширную деятельность в других областях церковной музыки».

Регулярно выступает с сольными концертами. Гастролировал в Польше, Австрии, Лихтенштейне, играл в крупных церквях Германии. Концертный репертуар включает в себя органную музыку разных времен - от эпохи барокко до произведений XX века.