Получил образование как пианист и композитор в Центральной музыкальной школе при Московской консерватории, Московской консерватории и аспирантуре, где его педагогами были Т.Л.Колосс, профессора А.А.Мндоянц и Н.А.Петров (фортепиано), Т.А.Чудова и А.В.Чайковский (композиция).

Во время учебы успешно выступал на международных конкурсах, среди них конкурс пианистов имени И.Я.Падеревского в Польше (первая премия, 2007 г.), конкурс В.Клайберна в США (2013 г.). В 2016 году Никита Мндоянц одержал победу на престижном Международном конкурсе пианистов в Кливленде (США). Также получил приз за лучшее выступление в камерном ансамбле и приз за лучшее исполнение произведения эпохи барокко.

В 2012 году в возрасте 23 лет Никита Мндоянц стал членом Союза композиторов России. Был удостоен первых премий на международных конкурсах молодых композиторов. Является одним из героев документальных фильмов «Русские вундеркинды» (2000 г.) и «Конкуренты» (2009 г.), снятых немецкой фирмой Lichtfilm (режиссер И. Лангеман).

Будучи стипендиатом многих благотворительных фондов, Никита Мндоянц рано начал выступать в России и за рубежом. Его концерты проходили в лучших залах Москвы и Санкт-Петербурга, городах России, в Германии, Италии, Испании, Португалии, Польше, Латвии, Эстонии, Китае, Корее, Швейцарии, Израиле, Франции, Украине.
Сотрудничал с ведущими отечественными оркестрами, среди которых Государственный академический симфонический оркестр России имени Е.Ф.Светланова, Заслуженный коллектив России академический симфонический оркестр Санкт-Петербургской филармонии и Симфонический оркестр Мариинского театра, Кливлендский Симфонический Оркестр.
Выступал под руководством таких дирижеров как Леонард Слаткин, Эри Клас, Владимир Зива, Александр Рудин, Александр Сладковский, Константин Орбелян. С 2012 года Никита Мндоянц — пианист и композитор в резиденции Международного музыкального фестиваля в Висамбуре (Франция).

Среди его партнеров по камерному ансамблю известные музыканты и коллективы — Александр Гиндин, Михаил Уткин, Валерий Соколов, Вячеслав Грязнов, Патрик Мессина, квартет имени Бородина, Брентано, Эбене, Атриум, имени Цемлинского и имени Шимановского.

Музыку Н. Мндоянца исполняют Александр Рудин, Александр Винницкий, Михаил Березницкий, Никита Борисоглебский, Евгений Тонха, Игорь Федоров, Мария Власова, Татьяна Васильева, Дэниел Хоуп, Илья Грингольц, Игорь Дронов, Сергей Кондрашёв, ансамбль солистов «Студия новой музыки», квартеты Cantando, имени Шимановского, имени Цемлинского, оркестр Musica Viva, Академический симфонический оркестр Московской филармонии, Симфонический оркестр радио «Орфей». Сочинения опубликованы издательствами «Композитор», «Юргенсон» и «Музыка».

В сезоне 2016-2017 состоялись сольные концерты Никиты Мндоянца в Большом Зале Консерватории (Москва), в Salle Corto (Париж), в Люксембургской филармонии и зале Bozar в Брюсселе.

Никита Мндоянц удостоен Почетного диплома Общества имени Бориса Чайковского за большой вклад в дело популяризации сочинений этого композитора.

С 2013 года преподает в Московской консерватории на кафедре инструментовки.