Музыкой начала заниматься в возрасте пяти лет, с восьми лет выступала с сольными концертами в сопровождении камерного оркестра Мариинского театра и в дуэте с отцом – флейтистом Владимиром Федотовым.

В 1996 году окончила Санкт-Петербургскую консерваторию, где училась у профессора Александры Вавилиной – солистки легендарного оркестра Мравинского.

В 1991 году стала солисткой Большого симфонического оркестра им. П.И.Чайковского под управлением В.Федосеева, успешно сочетая оркестровую работу с насыщенной сольной карьерой.

Мария Федотова – участница международных фестивалей в Базеле (Les muséiques), Санкт-Морице (Snow and Symphony), Париже (Bach et la transcription), Брюсселе (Europalya), Зальцбурге, Вербье, Брегенце, Гштаде, Эльмау и других европейских городах; с сольными программами выступала в зале Музикферайн (Вена), «Городе музыки» и Театре Елисейских Полей (Париж), Музикхалле (Гамбург). В России ее сольные и ансамблевые концерты проходили на фестивалях «Декабрьские вечера Святослава Рихтера», «Дворцы Санкт-Петербурга», «Crescendo», на Московском Пасхальном фестивале, в Большом зале Московской консерватории и Петербургской филармонии, Государственной капелле Санкт-Петербурга.

Как приглашенная солистка играла в составе Всемирного оркестра мира под управлением В.Гергиева и Венского филармонического оркестра под управлением З.Меты. В разное время сотрудничала с целым рядом выдающихся дирижеров, среди которых В.Федосеев, Ю.Темирканов, Т.Курентзис, В.Юровский, Ю.Франтц, А.Титов, Р.Кофман, А.Кац, С.Сондецкис, А.Шахмаметьев, Й.Вильднер, А.Болтон; в ансамблевых программах выступала вместе с Г.Кремером, Т.Гринденко, Ю.Башметом, А.Рудиным, А.Князевым, М.Бургом, Д.Илларионовым, Н.Йосино, М.Петри.

Репертуар Марии Федотовой охватывает четыре столетия музыки от эпохи барокко до современных сочинений. В ее исполнении в России впервые прозвучали флейтовые сочинения К.Роуза, Н.Рорема, Л.Бернстайна, Т.Такемицу, Б.Тищенко, В.Мартынова, Г.Канчели, Э.Картера, Р.Фрайзитцера, Т.Хайниша, Т.Майера, В.Янарчековой, П.Карманова, К.Зграи, А.Мальциса, И.Вдовина и других современных композиторов. Помимо современной флейты Мария Федотова владеет исторически ориентированным исполнением и сотрудничала с ансамблями старинной музыки "Ars Consoni" и «Академия старинной музыки». Записи Марии Федотовой выпущены на компакт-дисках.

Мария Федотова оказывает поддержку молодым талантливым музыкантам и проводит мастер-классы в России (в рамках проектов «Река талантов» и «Сириус») и за рубежом – в Армении, Литве, Португалии, Японии. В настоящее время преподает в Санкт-Петербургской консерватории.

С 2012 года – солистка Симфонического оркестра Мариинского театра.