Елена Ушакова родилась в Ленинграде. С ранних лет занималась музыкой. В течение десяти лет была солисткой Детского хора телевидения и радио Санкт-Петербурга под правлением Ю. М. Славницкого, С. Ф. Грибкова.
Окончила Музыкальное училище при Консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова (класс проф. В. Н. Гаген), вокальный факультет Санкт-Петербургской государственной консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова, класс профессора Галины Шульги (Киселёвой).
В 2002 году на всероссийском конкурсе «Bella voce» (Москва) была удостоена звания лауреата II степени. После участия в международном конкурсе молодых оперных певцов им. Н. А. Римского-Корсакова была приглашена в Академию молодых певцов Мариинского театра под управлением Л. А. Гергиевой.
Дебютировала как оперная певица на сцене Мариинского театра в партии Барбарины.
Работала в спектаклях под управлением таких дирижёров как Жанандреа Нозеда, Михаэль Гютлер, Кристофер Эшенбах, Михаил Татарников, Туган Сохиев.
Принимала участие в мастер-классах Ренаты Скотто, Монтсеррат Кабалье, Владимира Атлантова. Участница музыкальных фестивалей в Италии, Франции, Болгарии, Финляндии, Эстонии.
С 2003 года сотрудничает с драматическим театром «Балтийский Дом» в спектакле по роману И. Гончарова «Обломов».
В рамках музыкального фестиваля «Звезды белых ночей» приняла участие в записи оперы Р. Вагнера «Парсифаль» для Mariinsky Label в составе мировых звезд оперной сцены: Виолетта Урмана, Рене Папе, Гари Леман под управлением Валерия Гергиева.
В 2012 году исполнила 14 Симфонию Шостаковича в рамках международного фестиваля, дирижёр Джонатан Пастернак (США).

Солистка Мариинского театра.

Лауреат международного и всероссийского конкурсов.