Родился в 1965 году в Ленинграде. Учился в Хоровом училище имени М.И. Глинки при Государственной академической капелле Санкт-Петербурга. Окончил Санкт-Петербургскую государственную консерваторию имени Н.А. Римского-Корсакова по специальностям «Хоровое дирижирование» (1988 год) и «Оперно-симфоническое дирижирование» (1992 год).

Лауреат премии Правительства Волгоградской области за 2022 год. В июле 2024 года был удостоен почетного звания «Заслуженный деятель искусств Волгоградской области».

Сотрудничал с ведущими коллективами России — оркестрами Санкт-Петербургской филармонии, Национальным симфоническим оркестром, Большим театром в Москве, оперными театрами и оркестрами Казани, Новосибирска, Уфы, Красноярска. Также работал с оперными театрами и оркестрами Японии, Италии, Франции, Литвы, Эстонии, Азербайджана, Казахстана. С 1989 года дирижёр, а с 1992 по 2008 год — главный дирижёр Театра оперы и балета имени М.П. Мусоргского (Михайловского театра). В 1991–1996 годах — художественный руководитель и главный дирижёр Государственного симфонического оркестра Санкт-Петербурга. В 2009–2011 сотрудничал с Римской оперой, с 2010 года — главный дирижёр Ростовского музыкального театра. Главный приглашённый дирижёр New City Symphony Orchestra Tokyo, приглашённый дирижёр Большого театра, с 2010 года — постоянный приглашённый дирижёр Казанского театра оперы и балета. С 2025 года — главный дирижер Татарского академического театра оперы и балета имени М. Джалиля.

В репертуаре Андрея Аниханова около 80 спектаклей мирового оперного и балетного репертуара, многочисленные концертные программы. Он является организатором и участником многих музыкальных фестивалей, проводимых в России, в числе которых петербургский «Пасхальный фестиваль, «Рождественские встречи в Северной пальмире», «От авангарда до наших дней», «Петербургская музыкальная весна», Нуриевский фестиваль в Казани и других. Гастролировал с различными коллективами в Японии, США, Франции, Германии, Голландии, Польше, Португалии, Италии, Испании, Финляндии, Норвегии, Турции и других странах.

Записал с оркестром Михайловского театра и Симфоническим оркестром Санкт-Петербурга около 30 CD.

октябрь 2025