Хериберт Метцгер родился и учился в Вене. Став в 1972 году победителем конкурса им. Баха в Лейпциге, он выступил с концертами во многих частях Европы, в Канаде, Южной Корее, на Аравийском полуострове.
В центре интересов органиста — музыка Баха, чему и была посвящена его диссертация в Зальцбургском Университете. С 1975 года он ведёт в Университете «Моцартеум» класс органа и органной импровизации.
Хериберт Метцгер неоднократно давал мастер-классы на музыкальных академиях в разных частях Европы, Канады и Южной Кореи.
В сентябре 2005 он стал органистом Зальцбургского собора.