Эммануэль Аббюль родился в Берне. Он учился у Андре Лардро и Хайнца Холлигера.
В качестве солиста или первого гобоиста Эммануэль выступал с такими оркестрами как Роттердамский филармонический, Камерный оркестр Европы, Бирмингемский симфонический, Бостонский симфонический, Оркестр Концертгебау, Оркестр Баварского радио, Будапештский фестивальный оркестр, Оркестр Мариинского театра, Симфонические оркестры Осаки, Сингапура, Бухареста, Амстердам-симфониетта и др.
С 2006 по 2012 был первым гобоистом оркестра Роттердамской филармонии и Лондонского симфонического оркестра.
В течение многих лет часть своего времени Эммануэль Аббюль посвящает педагогической деятельности. С 2004 г. он преподаёт в Роттердамской академии музыки, Королевской академии музыки Лондона, с 2005 — профессор в Университете музыки и искусств Мангейма и в Академии музыки Базеля, а также почётный член Королевской академии музыки Лондона.